新版名称改为《武器装备科研生产单位保密资质管理办法》，强调“资质管理”属性，适用范围涵盖资质申请、受理、审查、许可及监督管理全过程，条款从45条增至56条，章节从七章调整为六章。

旧版中“适用于承担涉密武器装备科研生产任务的企业事业单位保密资格认定工作”；新版中则规定“军工保密资质申请、受理、审查、许可决定、使用和监督管理，适用本办法”，适用范围更加广泛，涵盖了资质管理的全过程。

成立年限方面，从3年缩短至1年，降低初创企业门槛；人员要求方面，涉密人员不少于10名，且需连续缴纳社保6个月以上；场所要求方面，科研生产场所面积不少于100平方米，租期不少于1年；外资限制方面，禁止外资实际控制，强化国家安全审查。

一级资质需通过书面审查和现场审查，二级资质仅需书面审查，审批时限分别为45日和20日。明确现场审查谈话人员范围及终止审查情形，如提供虚假材料、逃避审查等。

证书增加“统一社会信用代码”，有效期仍为5年，延续申请时间从30天延长至60天。证书发放时限统一为10日内，且明确证书及资质信息按工作秘密管理，不得公开。

新版明确提出“省级以上实施机关根据工作需要，可以委托同级或者下一级保密行政管理部门会同同级国防科技工业管理部门开展军工保密资质管理、审查等工作”，即军工二级保密资质可以根据需要下放。

 新版规定机关应当开展“双随机”抽查、“飞行”检查、专项检查、实地检查等形式的保密检查，对军工保密资质单位保密管理和技术防护等情况进行监督，确保保密资质单位的保密工作符合要求。

删除了旧版中的“严格标准、严格程序”，增加了“便民高效、注重质量”的原则，体现了管理理念的更新，更加注重管理的实效性和服务性。